г. Новосибирск, 15-16 июня 2017

Научная программа

Для практических занятий участникам необходимо:

  1. скачать и установить на ноутбук VirtualBox;
  2. скачать файл с образом (альтернативная ссылка);
  3. открыть VirtualBox, создать виртуальную машину (тип Linux, версия Ubuntu 64-бит, объем памяти между оранжевым и красным, использовать существующий виртуальный жесткий диск (выбрать файл из. п.2));
  4. провести тестовый запуск виртуальной машины.

15 июня

• 9:30 - 10:00 Регистрация участников
• 10:00 - 10:10 Открытие школы
• 10:10 – 10:30 Евгений Зонов (Диаэм) "Подготовка библиотек для NGS и оценка качества НК"
10:30 -12:30 к.б.н. Алексей Макунин (ИМКБ СО РАН)
"Высокопроизводительное секвенирование и филогенетика на примере анализа митохондриальной ДНК древних представителей семейства лошадиных"

• 12:30 – 13:30 Обед
• 13:30 – 16:30 Продолжение
• 16:30 – 17:00 Кофе-брэйк
• 17:00 - 17:30 Экскурсия в ЦКП "Геномика" СО РАН

Содержание:

  • Базовые команды bash
  • Контроль качества NGS прочтений - fastqc
  • Удаление адаптеров - cutadapt, AdapterRemoval
  • Выравнивание на референсный геном - bowtie2, bwa
  • Фильтрация, статистика, удаление ПЦР-дубликатов, консенсус - samtools, Picard
  • Множественное выравнивание - mafft
  • Конвертирование форматов - seqmagick
  • Визуализация выравниваний - jalview
  • Выбор модели замен - PartitionFinder
  • Построение филогении - fasttree, RAxML, mrbayes
  • Манипуляции с деревьями - figtree

 

16 июня

10:00-12:00 Ольга Киселева (ИБМХ РАН)
"Анализ масс-спектрометрических данных в протеомике"

• 12:00 – 13:00 Обед
• 13:00 – 16:30 Продолжение
• 16:30 – 16:40 Закрытие школы
• 16:40 – 17:00 Кофе-брейк

Содержание:

1. Введение в анализ протеомных данных. Основы протеомной масс-спектрометрии: базовые представления о современных масс-спектрометрических подходах

  • В рамках данного мастер-класса участникам будут представлены основные масс-спектрометрические стратегии (направленная (SRM) и панорамная (Shotgun)), программные продукты  и подходы для интерпретации получаемых экспериментальных данных, а также научные задачи, для решения которых эти стратегии могут быть применены.

2. Биоинформатические подходы в качественной и количественной протеомике

Демонстрация основных стадий анализа протеомных масс-спектрометрических данных, полученных в панорамном режиме, а именно:

  • идентификация пептидов, белков и их модификаций: применяемые инструменты и стратегии (генерирование  референтной библиотеки, сопоставление теоретических и экспериментальных спектров, валидация результатов, анализ пост-трансляционных модификаций, идентификация de novo);
  • аннотация и интерпретация результатов анализа  (поиск дополнительной информации о белках, pathway-анализ, исследование 3D-структур, обращение к Gene Ontology);
  • депонирование масс-спектрометрических данных в открытые репозитории (PRIDE и др.);
  • количественный анализ белков и пептидов, а также статистическая обработка данных с помощью MaxQuant и Perseus.

3. Актуальные вопросы протеомных технологий

  • Достижения, принципиальные ограничения и научные вызовы современной масс-спектрометрии: вопросы пробоподготовки, получения, обработки и валидации результатов экспериментов.