г. Новосибирск, 15-16 июня 2017

Научная программа

15 июня

Тема: "Высокопроизводительное секвенирование и филогенетика на примере анализа митохондриальной ДНК древних представителей семейства лошадиных"

  • Контроль качества данных секвенирования (fastqc)
  • Выравнивание на референсный геном (bowtie2, bwa)
  • Улучшение выравнивания древней ДНК (GATK, MapDamage) (опционально)
  • Визуальный контроль выравнивания, создание консенсуса (IGV, Ugene)
  • Получение данных из NCBI Nucleotide (опционально)
  • Множественное выравнивание (mafft)
  • Разделение выравнивания на функциональные участки и выбор моделей замен (jModelTest2, PartitionFinder) (опционально)
  • Построение филогенетических деревьев (MrBayes, RaxML)
  • Анализ полученных данных и манипуляции с деревом (Tracer, FigTree)

 

16 июня

Тема: "Анализ масс-спектрометрических данных в протеомике"


1. Введение в анализ протеомных данных. Основы протеомной масс-спектрометрии: базовые представления о современных масс-спектрометрических подходах

  • В рамках данного мастер-класса участникам будут представлены основные масс-спектрометрические стратегии (направленная (SRM) и панорамная (Shotgun)), программные продукты  и подходы для интерпретации получаемых экспериментальных данных, а также научные задачи, для решения которых эти стратегии могут быть применены.

2. Биоинформационные подходы в качественной и количественной протеомике

Демонстрация основных стадий анализа протеомных масс-спектрометрических данных, полученных в панорамном режиме, а именно:

  • идентификация пептидов, белков и их модификаций: применяемые инструменты и стратегии (генерирование  референтной библиотеки, сопоставление теоретических и экспериментальных спектров, валидация результатов, анализ пост-трансляционных модификаций, идентификация de novo);
  • аннотация и интерпретация результатов анализа  (поиск дополнительной информации о белках, pathway-анализ, исследование 3D-структур, обращение к Gene Ontology);
  • депонирование масс-спектрометрических данных в открытые репозитории (PRIDE и др.);
  • количественный анализ белков и пептидов, а также статистическая обработка данных с помощью MaxQuant и Perseus.

3. Актуальные вопросы протеомных технологий

  • Достижения, принципиальные ограничения и научные вызовы современной масс-спектрометрии: вопросы пробоподготовки, получения, обработки и валидации результатов экспериментов.

 

Для практических занятий слушателям необходим ноутбук с установленным VirtualBox