Волкова О.А.   Шарипов Р.Н.  

Сравнительный анализ особенностей организации нуклеотидных последовательностей mRNA и длинных некодирующих lncRNA

Докладчик: Волкова О.А.

В настоящее время много внимания уделяется длинным некодирующим РНК (лнкРНК). Хотя лнкРНК были изначально классифицированы как некодирующие, применение технологии профилирования рибосом (Ribo-seq) позволило обнаружить транслируемые с некоторых из них функциональные пептиды. Технология Ribo-seq является мощным инструментом для экспериментального определения эффективности стадий инициации и элонгации трансляции РНК в клетке (с помощью харрингтонина, лактимидомицина и циклогексимида, соответственно). Мы разработали новую модель позиционной весовой матрицы для предсказания старта на основе данных Ribo-seq. Эта модель позволяет различать мРНК и лнкРНК человека с точностью 96%.

С помощью использования данной модели для предсказания открытых рамок считывания (ОРС) в РНК, было обнаружено, что почти все лнкРНК содержат только короткие ОРС (≤300nt), чего не было обнаружено для мРНК.

Тезисы доклада:abstracts_419604_ru.pdf


К списку докладов