Подколодный Н.Л. Афонников Д.А. Иванисенко В.А. Матушкин Ю.Г. Колчанов Н.А.
Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно-функциональной организации и эволюции генных сетей
Докладчик: Подколодный Н.Л.
В работе представлены результаты исследований, проведенных в рамках проекта РНФ «Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно-функциональной организации и эволюции генных сетей», включая компьютерную систему реконструкции, анализа и моделирования генных сетей.
Разработана распределенная интегрированная компьютерная система для реконструкции, анализа генных сетей и моделирования генных сетей, включающая следующие программные компоненты (ПК): рабочее место для реконструкции генных сетей (редактор генных сетей), базу знаний по генным сетям, средства интеграции с системой автоматического извлечения знаний из текстов научных публикаций и баз данных (automated text and data mining) о структуре ГС, их молекулярных компонентах и взаимодействиях между ними, методы расширения ГС с помощью распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов, использования экспериментальных ChIP-seq данных и др., ПК для построения структурных моделей ГС, использующая оригинальные методы анализа структурно-функциональных закономерностей генных сетей, ПК моделирования динамики генных сетей, ПК для имитационного моделирования генных сетей, включая модеирование коварионной эволюции белков, учитывающие: (i) наличие в белках ограниченных наборов позиций, в которых аминокислотная замена может фиксироваться без нарушения структуры или функции белков, а также (ii) частичное переопределение такого множества позиций после каждой аминокислотной замены.
Работа поддержана грантом РНФ №14-24-00123
К списку докладов