Аркова О.В. Рассказов Д.А. Драчкова И.А. Пономаренко П.М. Аршинова Т.В. Пономаренко М.П. Савинкова Л.К. Колчанов Н.А.
Ассоциированные с ожирением потенциальные SNP-маркеры rs200487063, rs34104384, и rs201381696 изменяют сродство ТАТА-связывающего белка к промотору гена LEP человека
Докладчик: Аркова О.В.
Учет SNP-маркеров (Single Nucleotide Polymorphism, SNP) позволяет врачам облегчить страдания пациентов и улучшить их лечение. Установить SNP-маркер может только врач, генотипируя пациентов в рамках лечебной практики и находя у них достоверно частые SNPs в сравнении с нормой. Анализ in silico сотен миллионов SNPs “1000 геномов” может ускорить врачам поиск необходимых им SNP-маркеров. В случаях всех неаннотированных SNPs района [-70; -20] промотора гена LEP человека куда проектируются все доказанные ТАТА-боксы, мы оценили, http://beehive.bionet.nsc.ru/cgi-bin/mgs/tatascan/start.pl, значимость (Z-score) изменение сродства ТАТА-связывающего белка (ТВР) к этому промотору, определяющее отличие у пациента от нормы уровня гормона жировой ткани лептина, регулятора энергетического обмена и одного из факторов патогенеза сахарного диабета 2-го типа. В итоге мы нашли потенциальный SNP-маркер rs201381696 дефицита лептина, который был недавно клинически ассоциирован с устойчивостью к лептину/инсулину при ожирении, вызываемом диетой. Также мы нашли два потенциальных SNP-маркера rs200487063 и rs34104384 избытка лептина у пациента, что клинически связано с гипертонией, вызываемой ожирением. Используя экспериментальный метод EMSA (Electrophoretic Mobility Shift Assay, EMSA) в неравновесных условиях in vitro мы подтвердили достоверность (p<0.05) различия сродства ТВР к минорным и анцестральному вариантам rs200487063, rs201381696 и rs34104384, а также измерили величины времени полураспада и констант скоростей формирования (ka) и распада (kd) всех вариантов комплексов ТВР/ДНК для этих SNPs. Наконец, для rs566757746, rs560478489 и rs545535648 мы показали in silico их незначимое влияние на анкерный комплекс ТВР/ДНК, связывание РНК-полимеразы II с которым запускает сборку преинициаторного комплекса транскрипции гена LEP человека. В рамках существующих знаний, выбор врачами rs200487063, rs201381696, и/или rs34104384 с целью их проверки в качестве obesity-related SNP-маркеров по медико-генетическим стандартам и протоколам мог бы быть более обоснованным, чем выбор остальных SNPs rs566757746, rs560478489 или rs545535648 в промоторе этого гена.
К списку докладов