Пыркова А.Ю. Иващенко А.Т.
Использование методов фрагментированного программирования для решения задачи сравнения миРНК и построения дендрограммы
Докладчик: Пыркова А.Ю.
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МЕТОДОВ ФРАГМЕНТИРОВАННОГО ПРОГРАММИРОВАНИЯ ДЛЯ РЕШЕНИЯ ЗАДАЧИ СРАВНЕНИЯ миРНК И ПОСТРОЕНИЯ ДЕНДРОГРАММ
А.Ю. Пыркова1, А.Т. Иващенко1
1Казахский Национальный Университет имени аль-Фараби, Алматы
{Anna.Pyrkova, Anatoli.Ivashenko }@kaznu.kz
В представленной статье рассмотрена задача сравнения последовательностей миРНК и построения дендограмм. В ходе проведённого исследования авторами были получены следующие результаты:
- разработана математическая модель сравнения миРНК;
- разработан распараллеленный и фрагментированный алгоритмы сравнения последовательностей миРНК;
- выполнена программная реализация алгоритма сравнения миРНК и построения дендрограмм;
- результаты работы программы были протестированы на данных о последовательностях миРНК, предоставленных сотрудниками кафедры биотехнологии КазНУ имени аль-Фараби.
Работа выполнена при поддержке грантового финансирования научно-технических программ и проектов Комитетом науки МОН РК, проект «Разработка библиотеки параллельных подпрограмм для автоматизации создания больших параллельных численных моделей для суперкомпьютеров в области нефтяной геофизики».
ЛИТЕРАТУРА
1. Lesk Arthur M. Introduction to Bioinformatics. - Oxford: Oxford University Press, 2002. - 255 p.
2. Jones Neil C., Pevzner Pavel A. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. -
Massachusetts: Massachusetts Institute of Technology Press, 2004. - 435 p.
К списку докладов