Проведено сравнение концентраций хлорофилла, как интегрального показателя уровня развития фитопланктона, полученных в результате химического анализа проб воды, гидрофизического зондирования in situ и рассчитанных по спутниковым данным, на примере Новосибирского водохранилища. Одновременное использование контактных и дистанционных методов дает возможность детализации распределения водорослей фитопланктона по акватории водоема с пространственным и временным разрешением, соответствующим пространственно-временной организации физических, химических и биологических процессов в водной экосистеме. На основе полученной технологической схемы, как элемента современного оперативного экологического мониторинга континентальных водоемов, могут эффективно решаться проблемы диагноза и прогноза качества поверхностных вод, оптимизации многоцелевого использования водных ресурсов, в том числе с целью снижения экологического риска и обеспечения экологической безопасности при питьевом водоснабжении, рекреации и в рыбном хозяйстве.