International Conference
"Modern Problems of Mathematics, Informatics and Bioinformatics",
devoted to the 100th anniversary of professor Alexei A. Lyapunov

Novosibirsk, Russia, 2011, October 11-14

Колпаков Ф.А.   Тяжев И.В.   Толстых Н.И.   Кудрявцева Е.Н.   Sharipov R.   Боярских У.А.   Филипенко М.Л.   Лифшиц Г.И.  

Разработка программного комплекса для поддержки медико-генетических исследований

Reporter: Толстых Н.И.

       Современные медицинские центры оперируют большими объемами данных, которые требуют соблюдения соответствующих мер безопасности и контроля доступа к ним, а также нуждаются в программной поддержке статистических вычислений и анализа полученных результатов. В рамках междисциплинарных проектов СО РАН нами был разработан и внедрен на базе ЦНМТ СО РАН специальный программный комплекс для поддержки медико-генетических исследований мультифакториальных заболеваний.
        Комплекс построен по классической трехуровневой архитектуре: 1 уровень – базы данных (MySQL); 2 уровень – сервер приложений, используемый для реализации основной части бизнес-логики и анализа статистичеcких данных; 3 уровень – пользовательский интерфейс. Применение портальных технологий предполагает использование в качестве пользовательского интерфейса обычного веб браузера («тонкий» клиент). Для генерации презентационной логики и обеспечения основной части бизнес-логики используется технология BeanExplorer EE (http://www.beanexplorer.com), которая представлена набором сервлетов на сервере приложений и использует протокол JDBC для работы с сервером баз данных. Комплекс обеспечивает решение целого ряда задач от ведения реестра пациентов до формирования выборок пациентов и статистического анализа данных средствами модуля BioUML EE (http://www.biouml.org), а также с привлечением внешних программ (например, R/Bioconductor). Для статистического анализа используются только обезличенные данные пациентов (категория 4), созданные средствами комплекса на основе персональных данных (категория 1), которые хранятся в отдельной защищенной базе данных.
        Внедрение разработанного нами программного комплекса позволило значительно облегчить, унифицировать и ускорить ввод информации в базу данных, а также обработку и проведение статистического анализа данных пациентов.
        Работа поддержана в рамках междисциплинарного проекта №17 СО РАН и  проекта №33 программы «Фундаментальные науки – медицине» Президиума РАН.